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く過ごしたのがここ普門寺であった。隠元が普門寺の住持となったことにより、普門寺はこの時に黄檗宗へと改宗しており、妙心寺と揉めることとなる。普門寺滞在中は寺外に出ることを禁じられ、また寺内の会衆も200人以内に制限されていたものの、後水尾上皇を始め各地から僧が集まり、仏殿、鐘堂、石庭などが整備され大いに栄えたという。